根据《个人所得税法实施条例》第二十五条“按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的……基本医疗保险费……从纳税义务人的应纳税所得额中扣除”、《国家税务总局关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》（国税函[2005]318号），以及《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知
根据《个人所得税法实施条例》第二十五条“按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的……基本医疗保险费……从纳税义务人的应纳税所得额中扣除”、《国家税务总局关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》（国税函[2005]318号），以及《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）第一条第二款之规定，企业为员工缴纳的补充医疗保险，应当并入该员工当月的工资、薪金所得计算代扣代缴个人所得税。员工个人用于缴纳补充医疗保险费用之支出，也不得扣减个人所得税的税基。
另，根据《企业所得税法实施条例》第三十五条，以及《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费、补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）相关规定：自2008年1月1日起，企业缴纳的补充医疗保险费，在不超过职工工资总额5%标准内的部分准予扣除；超过的部分则不予扣除
