案情：
浙江绍兴某房地产开发企业A，分别于2006年、2007年拍卖取得土地两块。其中第一块土地于2009年开发完成，并基本销售完毕；其土地增值税实行预缴，企业所得税已进行完工汇算；而第二块土地因涉及居民动拆迁事宜，至2012年仍未交
案情：
浙江绍兴某房地产开发企业A，分别于2006年、2007年拍卖取得土地两块。其中第一块土地于2009年开发完成，并基本销售完毕；其土地增值税实行预缴，企业所得税已进行完工汇算；而第二块土地因涉及居民动拆迁事宜，至2012年仍未交付该土地。同时，2012年度，主管税务机关要求就地块一土地增值税进行清算，A企业需补缴的土地增值税近5,000万元。A企业认为，该土地增值税系地块一涉及之企业所得税中的税费成本支出，应追溯进行扣除，从而企业所得税应退税或者用于抵减以后年度的企业所得税。但税务机关认为该土地增值税支出构成其实际纳税年度的亏损，应由其以后年度的利润予以弥补，其依据主要为《国家税务总局关于房地产开发企业注销前有关企业所得税处理问题的公告》（国家税务总局公告2010 年 第 29 号）。税企双方由此产生根本分歧。
分析：
鉴于根据现行企业所得税法相关规定，多缴之企业所得税的抵减，无时间性限制。只要企业持续经营，且在以后任意年度产生利润从而需要缴纳企业所得税的，可以就该多缴部分，直接冲抵以后年度应缴税款。而亏损的弥补，则依法受五年期限的限制。一旦超过五年，企业仍无利润或者足够利润用于弥补亏损的，则相应亏损将不能再予弥补，从而对企业造成实际损失。本案税企双方的分歧，恰恰就在于前述两种方式下的处理方式和后果差异。尤其就A企业而言，其第二块至今仍未交付，开发完工形成利润难以预期；而且超过五年方产生利润的可能性非常大。一旦将其所清算缴纳之土地增值税作为亏损处理，则很可能无法在五年期限内弥补或者全部弥补，从而造成其实质税收损失。律师认为，根据现行相关税法规定，结合国家税务总局相关文件，以及税收立法和执法原则，无论A企业能否在后续五年内形成足够的利润，其清算补缴之土地增值税应当追溯至各相关年度进行税前扣除，从而对以前年度多缴纳之企业所得税实行退税或者抵减以后年度企业所得税，而不宜作为实际缴纳税款的当期成本、税费支出，作为亏损处理。
1、土地增值税纳税义务发生时间为相应房地产转让之时
根据《土地增值税暂行条例》第十条“纳税人应当自转让房地产合同签订之日起七日内向房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并在税务机关核定的期限内缴纳土地增值税”。 《土地增值税暂行条例实施细则》第十六条“纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定”之规定，土地增值税的预缴以及清算，仅为土地增值税的计算确认方式，并不能改变土地增值税之纳税义务的发生时间。因此，土地增值税的纳税义务发生时间，为相应房地产转让之时。则相应房地产实际应缴纳之土地增值税税款，无论其实际缴纳期限为何时，均应构成其转让当年度的成本、费用支出，并予以所得税前扣除。
2、国家税务总局关于土地增值税清算等相关文件亦充分表明土地增值税归属于相应房地产转让年度
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）第八条“土地增值税清算后应补缴的土地增值税加收滞纳金问题。纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金”。既为补缴，显然是指对以前年度“未缴或者少缴”之应纳税款的追补，否则应为“缴纳”税款， 而非“补缴”税款。这也充分说明了，土地增值税应当归属于其所实际发生年度的当期，而非实际补缴的当期。造成土地增值税后续清算和补缴事宜，是国家政策层面的问题，既非某特定税务机关的责任，也非纳税人本身的责任。
3、追溯扣除符合权责发生制原则
根据《企业所得税法实施条例》第九条“企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用”之规定，权责发生制作为税法的重要原则，要求企业对归属于当期的收入和费用，无论归是否在当期收付，均应作为当期的收入和费用。土地增值税作为企业的重要成本，其确认也应遵循权责发生制的要求。国家税务总局公告2010年第29号文第一条第一款“企业整个项目缴纳的土地增值税总额，应按照项目开发各年度实现的项目销售收入占整个项目销售收入总额的比例，在项目开发各年度进行分摊”之规定也体现出土地增值税的确认遵循权责发生制原则。
对此，《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）第六条“关于以前年度发生应扣未扣支出的税务处理问题。根据《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定，对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。企业由于上述原因多缴的企业所得税税款，可以在追补确认年度企业所得税应纳税款中抵扣，不足抵扣的，可以向以后年度递延抵扣或申请退税”之规定，以及国家税务总局办公厅2012年05月09日发布的关于《企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题公告》的解读 （
http://www.chinatax.gov.cn/n8136506/n8136593/n8137537/n8138532/11951444.html） “企业由于出现应在当期扣除而未扣除的税费，从而多缴了税款，以后年度发现后应当准予追补确认退还，但根据权责发生制原则，不得改变税费扣除的所属年度，应追补至该项目发生年度计算扣除”，均予以明确。
4、关于29号公告
律师认为，若将29号公告理解为房地产开发企业仅能在办理公司注销清算时，若符合土地增值税清算当年度存在着亏损，方可对以前年度的企业所得税进行退税；若企业不进行清算，则无权申请退税，则该文件涉嫌违反上位法而归于无效，各地方税务机关也不得执行。
如前所述，收入确认和成本、费用税前扣除的权责发生制原则，系国务院条例明文规定之税法原则，无论纳税人，还是税务执法机关，以及作为税收规范性文件制定者的国家税务总局，均应予以一体遵行。若国家税务总局制定之规范性文件，违背了税法明文规定，以及权责发生制原则，则根据征管法第三条，征管法实施细则第三条之规定，该等规范性文件应归于无效，各地方税务机关不得执行。
