存货盘亏是否作进项税额转出，应视该等损失系正常损失还是非正常损失分别作出处理。
一、若确为ERP计算错误和入库点算错误引起的盘亏，不应认定属于非正常
损失，无须作进项税额转出
若存货盘亏确系系统计算错误或者入库点算差错所造成，则根据新的《增值税暂行条例》第十条“下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣……（二）非正常损失的购进货物及相关的应税劳务……”之规定，无论是ERP计算错误（比如2008年盘盈，但2009年发现由于ERP计算错误实际上2008年未盘盈），还是仓管员在货物入库时点算错误，相应的存货实质上并不存在，其购进环节所谓的进项税额当然既没有也不可能抵扣。因此，其并不属于存货的非正常损失，更不符合前述《增值税暂行条例》中所述的进项税额予以转出之任一情形，故无须作进项税额转出处理。
当然，是否非正常损失究竟应由税务机关举证证明，还是由纳税人承担举证责任，现行税法并无明确规定。按照税务机关机械执行税法以及税收中心主义的执法思路，纳税人可能需自行举证证明，该部分存货盘亏系计算错误或点算差错所造成，否则，仍不免存在着其系为非正常损失从而须作进项税额转出之风险。
二、外购材料借出未归还引起的盘亏，应属于非正常损失，从而须作进项税转出
尽管新的《增值税暂行条例实施细则》第二十四条只对前述《增值税暂行条例》第十条第（二）项的“非正常损失”进行了解释，但是在无其他规定的情况下，外购材料“非正常损失”的认定也将按照《增值税暂行条例实施细则》第二十四条的规定，即“非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失”。纳税人将外购材料借出后未及时催促相关人员或者单位归还而致发生损失的行为，应认为存货“管理不善造成丢失”，其盘亏之存货应属于“非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物”，故而应依法转出进项税。
三、新增值税条例缩小了“不正常损失”范围
旧增值税暂行条例细则对“非正常损失”解释为“生产、经营过程中正常损耗外的损失”，包括：
1、自然灾害损失；
2、因管理不善造成货物被盗窃、发生霉烂变质等损失；
3、其他非正常损失。
而
