对于跨国公司而言，如何有效地同时应对税局对于转让定价的管理要求与海关对于海关估价的管理要求，成为一个绕不过去而不得不面对的问题。这两个问题就像是在一个跷跷板两端，而企业正处在中间，一旦失去平衡，任何一端都有可能构成风险甚至威胁。
独立交易原则，在税局和海关的运用下却有着不用的标准。从WTO组织制定海关估价规则与OECD组织制定转让定价指导之间的差异可见一斑。
举例来说，海关在检验独立交易原则时，基于的是每一个交易的价格，而税局在运用独立交易原则时，关注的是一段时间内企业的总体收入所产生的税源。因此在海关看来，如果销售价格低于成本，是根本不能被接受的，且他们关注的是毛利。而税局对于一定时期内某些交易的价格甚至低于成本，只要总体盈利水平达到一定标准，即是可接受的交易价格，他们更多的是关注净利。所以说，税局和海关在对于运用独立交易原则时的可比对象和方法有重大区别。
如上所述，税局与海关处于跷跷板两端，并对企业施加不同的影响，一方面税局希望企业的进口产品价格低，而加工生产后的出口产品价格高，将更多的利润留在国内，而缴纳充足的企业所得税；而另一方面，海关希望企业的进口价格高，这样可以征收更多的关税。
以外资企业常见的无形资产支付为例，企业通常将特许权使用费、商标使用费等排除在进口产品的关税之外，可以有效降低关税，而这些费用的支付，因为有了转让定价同期资料的详细披露，海关可以通过仔细研读同期资料，而发现并判断这些费用是否应该被纳入进口产品的价格征收关税。
这也就意味着，企业有可能顺利通过税局转让定价检查的同时，却引起了海关估价定价问题的调查。这也是企业常见的，对转让定价的关注的同时忽略海关估价问题直接引致的后果。因此建议企业在准备同期资料的同时，需要
1、重新以双重的审视视角或标准去展现或者传递定价策略，尤其涉及到可能会遇到的海关估计问题，如上具体的如特许权使用费问题等；
2、确保提交给海关与税局的定价报告以及资料的一致性；
3、建立应对税局与海关的检查的策略与流程等
以上的基本思路，仅为企业提供方向性的建议，需要企业根据自身的业务特点，相应的积极准备，在日趋严格的反避税领域，转让定价规制以及海关估价制度始终是争议高发领域，跨国企业在境内的子公司需要在其集团关联交易机制中有效保护自己，须谨慎看待同期资料的作用和价值，它即可以成为被两方检查调整的依据，也可以成为有力的抗辩证据。
