案情：
甲上市公司聘请某自然人A担任其独立董事，并向其支付董事费并按照“工资、薪金”代扣代缴个人所得税。
分析：
《关于在上市公司建立独立董事制度的指导意见》（证监发[2001]102号）明确，上市公司独立董事是指不在公司担任除董事外的其他职务，并与其所受聘的上市公司及其主要股东不存在可能妨碍其进行独立客观判断的关系的董事。在上市公司或者其附属企业任职的人员，不得担任独立董事。因此，上市公司的独立董事与上市公司之间不存在劳动雇佣关系。
而根据《国家税务总局关于明确个人所得税若干政策执行问题的通知》（国税发[2009]121号）第二条以及《国家税务总局关于印发<征收个人所得税若干问题的规定>的通知》(国税发[1994]89号)第八条之规定，个人担任公司董事、监事，且不在公司任职、受雇的，其取得的董事费收入，属于劳务报酬所得性质，按照劳务报酬所得项目征收个人所得税。
因此，如上所述，该自然人A取得的董事费收入，应由甲上市公司按“劳务报酬所得”项目代扣代缴个人所得税。
