根据《国家税务总局关于印发<增值税问题解答（之一）>的通知》（国税函[1995]288号）关于“代理进口货物应如何征税”之规定，代理进口货物的行为，属于增值税条例所称的代购货物行为，应按增值税代购货物的征税规定执行。但鉴于代理进口货物的海关完税凭证有的开具给委托方，有的开具给受托方的特殊性，对代理进口货物，以海关开具的完税凭证上的纳税人为增值税纳税人。即对报关进口货物，凡是海关的完税凭证开具给委托方的，对代理方不征增值税；凡是海关的完税凭证开具给代理方的，对代理方应按规定征收增值税。
由于实践中，进口代理单位通常会取得标明有委托方及受托方两个单位名称的海关进口增值税专用缴款书，根据《国家税务总局关于加强进口环节增值税专用缴款书抵扣税款管理的通知》（国税发[1996]32号）规定，只准予其中取得专用缴款书原件的一个单位抵扣税款。因此，如代理进口单位取得标有其名称的海关进口增值税专用缴款书，则其有权予以抵扣税款。
但根据 《财政部国家税务总局关于增值税、营业税若干政策规定的通知》（财税字〔1994〕第026号）的相关规定，同时具备以下条件的，应视为进口代理并就其手续费收入计征营业税，不同时具备以下条件的，则视为自营，应依法征收增值税。 （一）受托方不垫付资金；（二）销货方将发票开具给委托方，并由受托方将该项发票转交给委托方；（三）受托方按销售方实际收取的销售额和增值税额与委托方结算货款，并另外收取手续费。如代理进口单位抵扣了海关进口增值税专用缴款书，税务机关可能认为其取得的代理费，构成了增值税价外费用，从而征收增值税。
