案情：A公司收到销售方开具的增值税专用发票，当月认证通过且收到了税务所的进项抵扣清单。所以，A公司就该笔进项税额当月进行了抵扣。然而，三个月后，税务局通知，该发票经比对系统比对的结果是“缺联”。现税务机关要求A公司补税。
分析：
所谓“缺联”，指系统内有抵扣联而无存根联并且按规定不需留待下期继续比对的发票。根据《国家税务总局关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》(国税函[2006]969号)第二条“……增值税专用发票稽核系统发现涉嫌违规发票分‘比对不符’、‘缺联’和‘作废’等类型。凡属于上述涉嫌违规的发票……属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证”之规定，如果认证通过的发票，存在“缺联”之情形，且其不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，则其进项税额不得抵扣；已实际抵扣的，应作进项税额转出，并予以补缴税款。
因此，对增值税纳税人而言，其取得的增值税专用发票即使已经税务系统认证通过，其仍然未必能保证“万无一失”。纳税人需要在日常购销业务中对交易对方的资信等状况作必要核实，并明确对方应提供真实、合法、有效的增值税专用发票，以及相关的违约责任，以便在出现情况时可要求其重新开具合法、有效的专用发票，或者向其追索税款损失，以弥补其可能遭受的经济损失。
