案情介绍：
A公司注册地在B市,负责某高速(贯穿B\C\D三市)的通行费收取工作,一般情况下,A公司的高管应该在B市申报个人所得税,因A公司高管均为D市户口,同时A公司在D市设立了一家分公司,故，A公司想在D市税务局为高管申报代扣代缴工资薪金的个人所得税。
B市税务局认为：A公司注册地在B市，多年一直在B市代扣代缴个税，且A公司高管依然在A公司履职，故，认为其应该继续在B市申报代扣代缴个人所得税。A公司则认为：尽管公司高管一直在B市代扣代缴个税，但，因公司在D市设立一分公司，且公司高管也要派到D市分公司去履职，故，公司高管应转到D市税务机关去申报代扣代缴个税。
案例分析：
一、一般情形
个人所得税以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。根据《个人所得税代扣代缴暂行办法》第十三条“扣缴义务人每月所扣的税款，应当在次月７日内缴入国库，并向主管税务机关报送《扣缴个人所得税报告表》、代扣代收税款凭证和包括每一纳税人姓名、单位、职务、收入、税款等内容的支付个人收入明细表以及税务机关要求报送的其他有关资料”之规定，A公司高管人员的工资、薪金个人所得税须向扣缴义务人的主管税务机关报送。即高管员工取得工资、薪金所得的纳税地点为扣缴义务人的主管税务机关所在地，而与员工的户籍所在地或者实际工作地点无关。
如果A公司高管人员的劳动合同是与D市的分公司签订的，且同时兼任A公司的高级管理人员，但该高管人员的工资、薪金由D市的分公司支付，社保帐户也在D市建立，则该高管人员的劳动关系应视为在D市。D市分公司支付的工资、薪金应负的个人所得税当然需要由D市的分公司代扣代缴。
至于兼职行为，通常认为属于劳务关系，如该高管人员取得B市的兼职收入，应按“劳务所得”由A公司代扣代缴所得税。当然，根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第三十六条“纳税义务人有下列情形之一的，应当按照规定到主管税务机关办理纳税申报：（二）从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的”之规定，若纳税人属于在中国境内两处任职，并且两处均取得工资、薪金所得的，如该高管人员同时在B市的A公司任职且取得工资、薪金的，则A公司仍然应当在实际向高管人员发放工资时，按“工资、薪金所得”代扣代缴个人所得税。
二、特殊情形
《个人所得税代扣代缴暂行办法》第二条第一款规定，“凡支付个人应纳税
所得的企业（公司）、事业单位、机关、社团组织、军队、驻华机构、个体户等单位或者个人，为个人所得税的扣缴义务人”以及第五条第一款规定，“扣缴义务人向个人支付应纳税所得（包括现金、实物和有价证券）时，不论纳税人是否属于本单位人员，均应代扣代缴其应纳的个人所得税税款”。由此表明，扣缴义务主体的确定以实际支付人为义务主体，如果实际支付单位与用工单位存在不一致之情形，则劳动关系不是确定扣缴义务人的唯一依据。例如，如果A公司高管属于B市注册地公司，但工资实际由D市公司支付，则扣缴义务人为实际支付主体。A市公司与D市公司则按往来处理。当然，由D市公司支付高管的工资，则需要一些商业理由作为支撑。
